בנם של מרים וסלימן (שלמה). נולד ביום י"ט באדר א' תש"ו (20.2.1946) באלג'יריה. אח לפרץ.
רפאל, שכונה פִּלוֹ בפי כול, עלה מאלג'יריה ארצה עם משפחתו בגיל צעיר, ואת ביתם קבעו בטבריה. למד בבית הספר היסודי "תחכמוני" בעיר.
בתום לימודיו החל לעבוד בדיג בכנרת, תחום שאהב במיוחד.
בגיל שמונה-עשרה התגייס לצה"ל ושירת שירות מלא בחיל השריון.
לאחר שחרורו מצה"ל חזר לעסוק בדיג, וכעבור זמן נהיה סוחר דגים.
רפאל נישא לרבקה, ולשניים נולדו בת ובן – מירב ומיכאל (מיקי). ילדיו ורעייתו זכו לאהבתו ולמסירותו.
באוקטובר 1973, עם פרוץ מלחמת יום הכיפורים, נקרא לשירות מילואים ברמת הגולן. יומיים לפני סוף המלחמה נפצע מרסיסים בעיניו ופונה לבית החולים "רמב"ם" בחיפה.
בעקבות הפציעה נפגעה ראייתו עד מאוד – בעין אחת הושמה עין זכוכית תותבת ובשנייה נותר רסיס. הוא הוכר כעיוור וראה צלליות בלבד.
בשנת 1974 נפטרה רעייתו רבקה בעקבות מחלת לב.
זמן-מה לאחר מכן הכיר את אניה, עולה חדשה מצרפת. היא ביקרה מכרים בטבריה ופגשה את רפאל בעת שנכנסה לחנות הדגים שלו בשוק. בשנת 1978 נישאו. כבן זוג אוהב פרגן לרעייתו וביקש להקל עליה. היא קראה לו בחיבה "רפי" וסיפרה איך בכל פעם שחזרה מהמספרה, הריח את שערה והחמיא לה על התספורת החדשה אף שלא היה מסוגל לראות אותה בשל עיוורונו. נולדו להם בן ובת – אבישי ומיטל. התרגשות רבה אחזה בו בלידותיהם.
ברבות השנים פתח ליד החנות מסעדת דגים בשיטת "אכול ככל יכולתך" שהייתה לשם דבר ברחבי הארץ, ובה נהג לשבת עם האורחים ולשוחח עימם. סמוך למסעדה פתח מאפיית פיתות, בה עבדה רעייתו.
היו לו חברים רבים – רובם דייגים וסוחרי דגים, והוא בילה עימם רק מחוץ לכותלי הבית. ביתו היה עבורו מקום פרטי ומקודש, ולעיתים קרובות נזקק לזמן עם עצמו, להתבודד.
את עירו טבריה אהב בכל מאודו, התגאה בה וכינה את עצמו "טברייני אינדיאני". לדבריו, "כמו שאת מוציאה את הדג מהמים, אני לא יכול בלי טבריה".
במהלך השנים, למרות הפציעה שגרמה גם לכאבי ראש ואוזניים והודות לנחישות ולאופטימיות שאפיינו אותו, התגבר על הנכות הפיזית והמשיך לתפקד באופן עצמאי ולעבוד. בנוסף, הקפיד על מעקב רפואי ומעולם לא התלונן.
בתחילת שנות השישים לחייו חלה בסוכרת ומצבו הרפואי הידרדר.
רפאל (פלו) שוקרון נפטר ביום כ"ב בטבת תש"ע (7.1.2010). בן שישים וארבע בפטירתו. הובא למנוחות בבית העלמין "טוהר רחל" בטבריה. הותיר אישה, שתי בנות, שני בנים ונכדים.
על מצבתו חקקו אוהביו: "זיכרך לא ימוש מלבנו לנצח".